La simplicité même !
1) Fait un seul fichier texte, réunissant tous les textes (oui je sais ça va être énorme)
2) Il faut que tous les titres soient "formatés" : je veux dire par là qu'ils doivent être dans un "style". Les titres d'épisode en style "titre1", par exemple, puis les titres de chapitres en "titre2".... en modifiant le style concerné pour que police, taille et compagnie te conviennent.
3) Sous OpenOffice Writer, "conversion rapide pdf".
Et c'est tout (testé à l'instant). Si les titres sont en styles bien ordonnés, la conversion te retournera un pdf aux signets rangés exactement de la même façon.
Bon, je sais, tu n'as pas OOo... mais ça, à la limite, hein, tu sais quoi faire : tu l'envoies à ton beauf, et je te fait la conversion en 3 secondes.